Στην συνέχεια ο ηγούμενος ζήτησε να είναι μόνος του σε κελί , ώστε να μπορεί να ασκεί τα πνευματικά του καθήκοντα. Έτσι ο ηγούμενος κρατείται στην 6η πτέρυγα του Κορυδαλλού, εκεί όπου βρίσκονται οι κρατούμενοι για οικονομικά εγκλήματα. ...
Στο μεταξύ έγιναν γνωστοί οι τρεις λόγοι με βάση τους οποίους το δικαστικό συμβούλιο έκανε δεκτή την άποψη της ανακρίτριας Ειρήνης Καλού και ψήφισε υπέρ της προφυλάκισης του Εφραίμ.
Σύμφωνα, λοιπόν με την εισήγηση η προφυλάκιση κρίθηκε αναγκαία γιατί:
1. Εκμεταλλευόταν την ιδιότητά του ως καθηγούμενου αγιορείτικης μονής παγκόσμιας ακτινοβολίας προς επηρεασμό πολιτικών προσώπων, υπουργών και υφυπουργών, καθώς και ανώτερων κρατικών λειτουργών και υπαλλήλων.
2. Τελούσε επί μακρόν χρόνο τις συγκεκριμένες πράξεις, γεγονός που δεν προσιδιάζει στο μοναχικό σχήμα και την πνευματική του αποστολή.
3. Η δράση του έχει προκαλέσει ιδιαίτερα μεγάλη ζημία σε βάρος της δημόσιας περιουσίας.
Το επόμενο διάστημα θα γίνει γνωστό, αν αντικατασταθεί η προφυλάκιση με περιοριστικούς όρους, κάτι που είναι και η επιδίωξη των δικηγόρων του ηγουμένου της Μονής ..
