Αυτό προβλέπεται στις μεταβατικές διατάξεις του νέου νομοθετήματος.
Επίσης, μεταξύ των αλλαγών που καταγράφονται, η σημαντικότερη αφορά το Συμβούλιο του Ιδρύματος, το οποίο έχει προκαλέσει και τις μεγαλύτερες τριβές μεταξύ υπουργείου και πρυτάνεων....
Έτσι, προβλέπεται η επιλογή των εξωτερικών μελών των συμβουλίων να γίνεται με αυξημένη πλειοψηφία των εσωτερικών μελών. Πλειοψηφία 2/3 θα πρέπει, επίσης, να υπάρχει για την επιλογή του πρύτανη και των κοσμητόρων.
Αλλάζει επίσης, και το ζήτημα με την κατάργηση των τμημάτων και συνεπώς αλλάζουν και οι σχεδιασμοί σχετικά με το νέο σύστημα εισαγωγής στα Πανεπιστήμια και τα ΤΕΙ από το ακαδημαϊκό έτος 2013-14, οπότε θα πάψει να ισχύει το σημερινό σύστημα των πανελληνίων εξετάσεων. Έτσι, η εισαγωγή των νέων φοιτητών θα γίνεται έως το 2014, οπότε θα αλλάξει το εξεταστικό σύστημα, σε τμήματα, όπως ισχύει και τώρα. Θα υπάρχει, όμως, κοινό πρόγραμμα σπουδών στα τμήματα της ίδιας σχολής για το πρώτο έτος και δυνατότητα κινητικότητας μεταξύ τμημάτων.
Να σημειωθεί ότι διευκρινίζεται κατηγορηματικά πως δεν θα υπάρχουν δίδακτρα στις προπτυχιακές σπουδές και ότι η δυνατότητα χορήγησης πτυχίων κατόπιν 3ετών σπουδών παρέχεται, προκειμένου να τη χρησιμοποιήσουν όσα πανεπιστήμια το επιθυμούν, χωρίς να είναι δεσμευτική. Σύμφωνα με το χρονοδιάγραμμα, που περιλαμβάνεται, προβλέπεται ότι η πλήρης εφαρμογή του νέου νόμου θα είναι τον Σεπτέμβριο του 2012.
Όμως, οι αλλαγές θα αρχίσουν άμεσα και από τον Σεπτέμβριο του 2011, που αρχίζει η νέα ακαδημαϊκή χρονιά. Ωστόσο, έως τις 15 Ιανουαρίου 2012 το κάθε πανεπιστήμιο θα πρέπει να έχει ορίσει το νέο Συμβούλιο Ιδρύματος. Επιπλέον, έως την 1η Σεπτεμβρίου 2012 θα πρέπει να έχουν συγκροτηθεί Σύγκλητοι, θα πρέπει να έχουν επιλεγεί πρυτάνεις και κοσμήτορες
